Para utilizarlo fresco, se cortan los tallos y las hojas tiernos, se separan las hojas y se pican finas. Para secar ó preparar aceite, se cortan los tallos algunos centimetros por encima del suelo, poco antes de que florezca la planta. Se secan y despues se separan las hojas.

El aceite esencial de tomillo puede resultar tan tóxico como el de salvia. No deben usarlo las mujeres embarazadas

Seguramente debido a sus propiedades digestivas, es una de las hierbas más utilizadas como condimento. Combina bien con estofados, escabeches y todo tipo de salsas. Si se utiliza en platos muy grasos, facilita su digestión y realza el sabor.Perfecto con el pollo asado. por su intenso y fuerte aroma se emplea en pequeñas dosis. También sirve para aromatizar sopas, marinadas,(en especial para aceitunas) rellenos, guisos y verduras asadas ó fritas, en especial setas y calabacines, conserva su sabor en platos de cocción lenta.